La tercera generación de misiones de paz surge como respuesta a la crisis que sufrió el mantenimiento de la paz en Somalia, Ruanda y, sobre todo, Bosnia. No existe consenso en cuál fue la primera misión de la tercera generación, pero la mayor parte de autores la sitúa en Bosnia. La misión en Bosnia de Naciones Unidas UNPROFOR (United Nations Force) nació como propia de la segunda generación, con sus características distintivas de separación de contendientes, reconstrucción y ayuda humanitaria y uso restringido de la fuerza. Pero no atendió a uno de los principios fundamentales que distinguía a estas misiones, que fue el acuerdo entre todas las partes para su despliegue, pues la parte serbobosnia. De este modo, la misión contó desde el principio con numerosas acciones hostiles por su parte. Las Naciones Unidas adoptan medidas especiales para dotar a las fuerzas de la UNPROFOR de la capacidad de respuesta ante ataques. Pero con esa medida, convirtió a las fuerzas de paz de la UNPROFOR en una fuerza hostil, virtualmente de guerra. Lo cual repercutió tanto en su seguridad como en su desprestigio inmediato. Pero lo peor fue que no dotó de los recursos necesarios para llevar a cabo esa tarea. De este modo, se imprime un giro radical al planteamiento inicial.
A partir de entonces comienza un nuevo concepto en cuanto a misiones de paz se refiere, la imposición de paz. Ya no importa que todas las partes en conflicto estén de acuerdo en alcanzar la paz, si la comunidad internacional decide acabar con un conflicto, tiene pone los medios para hacerlo. Para llevar a cabo esta tarea, se recurre por primera vez a fuerzas no pertenecientes a la ONU, sino a otras organizaciones. En el caso de Bosnia, interviene la OTAN, con la operación Fuerza Deliberada (Deliberate Force) en 1995, la primera operación bélica de imposición de paz. Una vez impuesta la paz por la fuerza, se despliega otra fuerza de la OTAN, para estabilizar la zona, fue la misión IFOR (Implementation Force), que fue sustituida posteriormente por la SFOR (Stabilitation Force), de la misma organización. Una vez estabilizada la región, en 2004, se desplegó otra nueva misión, en este caso de la Unión Europea, la EUFOR, para mantener la paz.
Esta secuencia de misiones será característica de la tercera generación de misiones de paz. Una operación bélica de imposición de paz, seguida de una misión de estabilización y finalmente, en algunos casos, otra de mantenimiento. Este esquema, con algunas variaciones es la que se ha seguido en Kosovo y en Irak.